W zależności od wybranego oprogramowania istnieje mała możliwość uszkodzenia plików, ale partycji systemowej. Same pliki nie powinny zostać uszkodzone.
Ale jest to uzależnione od metody kopiowania. Najniebezpieczniejsze kopiowanie było by przez windowsa do linuxa. Do tego celu trzeba specjalne narzędzia które mogą sprawić iż linoxowa partycja może się posypać.

Jeżeli będziesz korzystał z Ubuntu i przekopiujesz pliki z partycji Windowsowych np. NTFS to nie utracisz, żadnej jakości ani też nie powinieneś napotkać żadnych problemów.

Pozdrawiam