"Appleseed" opowiada o zniszczonym wojną nuklearną świecie. Zdziesiątkowana ludzkość skupia się w mieście Olympus, którego twórcy dążą do stworzenia utopijnego, idealnego społeczeństwa. Niestety, Olympus, jak każda utopia okazuje się po pewnym czasie nierealna...

Deunan jest nastoletnią działaczką ruchu oporu w wyniszczonym III Wojną Światową mieście. Kiedy podczas akcji giną wszyscy jej towarzysze, z opresji ratuję ją tajemnicza jednostka ESWAT i zabiera ją do utopijnego miasta Olympus. Rządzi nim superkomputer Gaja wraz z Radą starszych. W tym idealnym społeczeństwie koegzystują ze sobą ocalali po wojnie ludzie i generacja Bioroidów - genetycznie ograniczonych, ale "doskonalszych" ludzi pozbawionych uczuć. Okazuje się jednak, że utopijność jest tylko pozorna - ludzie obawiają się nowej rasy i chcą ją wyeliminować w obawie przed utrata swojej pozycji. I kiedy Rada Starszych postanawia przenieść Bioroidy na wyższy poziom ewolucji za pomocą Appleseed, zaczynają się prawdziwe kłopoty...