Ludzkość stworzyła przy pomocy inżynierii genetycznej rasę nadludzi, Koordynatorów. Są genialni, wytrzymali, piękni… Słowem, idealni. Ale ludzka natura tak już jest skonstruowana, że cudza wyższość budzi zawiść, a zawiść budzi nienawiść. Stąd już tylko krok do wojny… I stało się. Wybuchły zamieszki, powstały dwa zwalczające się obozy. Będący w zdecydowanej mniejszości Koordynatorzy opuścili ojczystą planetę i osiedlili się na gigantycznych stacjach kosmicznych. Stan niepewnego spokoju trwał aż do dnia, gdy flota „Naturalnych” (ludzi niezmodyfikowanych genetycznie) zaatakowała i zniszczyła jedną z cywilnych kolonii. Odpowiedź ZAFT, organizacji powołanej przez Koordynatorów, była szybka i zdecydowana. Rozpoczęła się wojna…